Bioinformatics Engineer · Madrid
Bioinformática full-stack. Experto en pipelines para análisis genómico a gran escala, software e infraestructura de portales web para almacenar, gestionar, procesar y explotar datos ómicos.
Ahora: al frente de la plataforma de bioinformática de CIBERINFEC y desarrollando Omilinx. Abierto a proyectos y colaboraciones.
01 Proyectos
Trabajo de red, código abierto y cosas mías. Filtra por tipo.
Responsable técnico de la plataforma: soporte a investigadores, workflows, infraestructura, documentación, formación y colaboración entre grupos de la red.
Puesta en marcha y adopción del entorno HPC: requisitos, setup inicial, coordinación, pruebas, incorporación de usuarios, adaptación de pipelines y documentación.
Plataforma para integrar datos genómicos y metadatos de investigación y vigilancia de patógenos: API, ETL, normalización, permisos, interfaz web y despliegue.
Capa de APIs del ecosistema PathoCore: endpoints REST, mapeo a OMOP, validación y normalización de datos, permisos y versionado de esquemas.
Ensamblado y anotación bacteriana para lecturas cortas, largas o híbridas: control de calidad, ensamblaje, pulido, clasificación taxonómica y anotación en un solo flujo.
Estudio masivo de los microARN implicados en la infección por el virus de la hepatitis C en pacientes VIH y su relación con el reservorio viral.
Enriquecimiento funcional a partir de interacciones microARN–diana validadas: el usuario entra con su lista de miARN y obtiene rutas, redes y tablas.
Plataforma propia para centralizar proyectos ómicos, muestras, metadatos, QC, ejecuciones y resultados con trazabilidad completa. En desarrollo activo.
Análisis de datasets públicos sobre diabetes: QC, integración, clustering y anotación de tipos celulares, genes del glucocálix y angiogénesis.
Iniciativa propia de formación en bioinformática aplicada: cursos prácticos sobre pipelines, HPC, R y análisis reproducible.
Asistentes de IA que corren dentro del laboratorio, sin que los datos salgan: apoyo al análisis, a la documentación y al código del día a día.
Agentes en funcionamiento que automatizan tareas repetitivas de un proyecto y dejan el resultado listo para revisar.
02 Servicios
Tres piezas que se contratan juntas o por separado: pipelines, backend y Omilinx.
Pongo a correr tus pipelines Nextflow y nf-core sobre infraestructura real — HPC o nube — validados con datos de control y versiones fijadas antes de producción.
Diseño las APIs, bases de datos y modelos de datos de detrás: mapeados a OMOP, estandarizados y preparados para aguantar cuando los datos crecen.
Te ayudo a montar la infraestructura para desplegar tus pipelines, y a explotar los resultados con paneles visuales para todo el laboratorio — sin escribir código.
03 Camino
De la tesis a la plataforma, siempre el mismo hilo.
04 Open source
Software que mantengo o al que contribuyo, en público y versionado.
| Proyecto | Mi papel | Enlace |
|---|---|---|
| nf-core/bacass maintainer | Mantenimiento y desarrollo del pipeline de ensamblaje y anotación bacteriana: releases, revisión de PRs y soporte a la comunidad. | nf-co.re ↗ |
| relecov-tools contributor | Contribuciones al software de procesamiento de datos de vigilancia genómica, entre ellas la ejecución del wrapper en segundo plano (--background, --nohup). | github ↗ |
| CORALIS author · R | Paquete de R propio para enriquecimiento de ncRNA basado en interacciones validadas. | github ↗ |
| nf-core community organiser · Madrid | Organizador del nodo de Madrid en los hackathons de nf-core, además de participante. | nf-co.re ↗ |
05 Comunidad
InCoB / ISCB-APAC 2026 · Penang
Arquitectura modular, modelo de datos y flujo de compartición para vigilancia genómica.
Royale Chulan, Penang
25ª conferencia internacional de bioinformática y primera ISCB-Asia Pacific.
CNM · Majadahonda, Madrid
Organizador del nodo de Madrid: viralrecon y bacass, presencial y online.
AIDS 2022 · Montreal
Desregulación del clúster C14MC en pacientes VIH según exposición a VHC, con sesgo por sexo.
Cursos prácticos para equipos de investigación: Nextflow, HPC y análisis single-cell.
Cursos online ↗| Curso | Dónde | Duración |
|---|---|---|
| Programación en R y análisis estadístico para investigación clínica y biomédica | CIBERINFEC | práctico |
| HPC — nivel básico, medio y avanzado | CIBERINFEC | 3 niveles |
| Nextflow | CIBERINFEC | práctico |
| Empaquetado en Python | E-learning | en preparación |
| scRNA-seq de retina y glucocálix (Scanpy) | E-learning | en preparación |
06 Stack